La infección por Chagas evoluciona en varias fases. Durante la primera fase, el estadio agudo de la enfermedad, justo después de contraer la infección, a menudo es asintomática. Los niños puede que presenten algunos síntomas como fiebre, glándulas linfáticas hinchadas, hígado y bazo distendidos o
inflamación de la picadura. Estos síntomas a menudo pueden confundirse con los de otras enfermedades de la infancia, y a los pocos días desparecen.
La fase intermedia empieza entre las ocho y las diez semanas después de haber contraído la infección y puede que dure durante muchos años. En esta fase los afectados son asintomáticos y pueden ser portadores del parásito durante años sin saberlo. Cerca de entre el 20 y el 30% de las personas infectadas desarrollaran la fase crónica de la enfermedad a los entre diez y veinte años de haberla contraído. Para entonces, los pacientes habrán desarrollado lesiones irreversibles en el corazón, el esófago y el colon. El fallo cardiaco es la causa de muerte más frecuente entre los jóvenes adultos, las personas que deberían estar en la fase más productiva de su vida.
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